Veikkausliiga pelattiin 14 joukkueen voimin kaksinkertaisena sarjana. KuPS sijoittui liigassa 12:nneksi HJK:n viedessä Suomen mestaruuden. KuPS pelasi 53:nnen kautensa valtakunnan pääsarjassa, kauden neljä ensimmäistä kotiottelua pelattiin legendaarisella Väinölänniemen stadionilla ja loput kotiottelut 4.7. alkaen pelattiin Magnum Areenalla. JJK Jyväskylä pelasi ensimmäisen kautensa liigatasolla varmistaen sarjapaikkansa karsintaotteluiden kautta. AC Oulu nousi Ykkösestä Veikkausliigaan pelikaudelle 2010. 

Veikkausliiga 2009:

18.4.	HJK - KuPS 5-1, Ilja Venäläinen
23.4.	FC Lahti - KuPS 1-0
29.4.	IFK Mariehamn - KuPS 3-0
07.5.	FF Jaro - KuPS 1-1, Balazs Balogh
10.5.	KuPS - JJK 2-0, Pele Koljonen, Ilja Venäläinen, yleisöä 1923
18.5.	KuPS - FC Inter 0-2, yleisöä 1471
24.5.	Tampere United - KuPS 2-0
28.5.	KuPS - TPS 0-3, yleisöä 1306
31.5.	Haka - KuPS 3-0
13.6.	KuPS - MYPA 0-2, yleisöä 810
17.6.	VPS - KuPS 1-0
24.6.	FC Honka - KuPS 4-1, Ilja Venäläinen
04.7.	KuPS - RoPS 3-0, Miikka Turunen 2, Dickson Nwakaeme, yleisöä 1323
12.7.	KuPS - HJK 0-3, yleisöä 3511
19.7.	KuPS - FC Lahti 1-1, Pele Koljonen, yleisöä 2404
26.7.	KuPS - IFK Mariehamn 2-2, Miikka Ilo, Pele Koljonen, yleisöä 1923
02.8.	KuPS - FF Jaro 2-2, Pele Koljonen, Ilja Venäläinen, yleisöä 1989
05.8.	JJK - KuPS 1-2, Patrice Ollo 2 (yleisöä 4631)
14.8.	FC Inter - KuPS 2-3, Pele Koljonen, oma maali, Tuomas Kuparinen
22.8.	KuPS - Tampere United 1-2, Ilja Venäläinen, yleisöä 2011
13.9.	KuPS - Haka 5-1, Miikka Ilo 2, Juho Karppinen, Ilja Venäläinen, Dickson Nwakaeme, yleisöä 1868
20.9.	MYPA - KuPS 1-2, Dickson Nwakaeme, Juho Karppinen
23.9.	TPS - KuPS 3-0
26.9.	KuPS - FC Honka 0-4, yleisöä 1939
4.10.	KuPS - VPS 3-3, Miikka Turunen, Dickson Nwakaeme, Ilja Venäläinen, yleisöä 1406
17.10.	RoPS - KuPS 1-0

Veikkausliigan sarjataulukko:

HJK	26	14	10	1	45-21	52
FC Honka	26	13	10	3	65-29	49
TPS	26	13	10	3	46-20	49
IFK Mariehamn	26	10	13	3	30-21	43
FC Inter	26	11	7	8	30-30	40
Haka	26	10	7	9	40-35	37
Tampere United	26	11	4	11	31-31	37
VPS	26	10	5	11	30-36	35
MYPA	26	9	7	10	32-30	34
FF Jaro	26	8	8	10	33-34	32
FC Lahti	26	8	7	11	33-40	31
KuPS	26	6	5	15	29-53	23
---------------------------------------------------------------------------------
JJK	26	3	7	16	25-52	16
---------------------------------------------------------------------------------
RoPS	26	4	4	18	21-66	16

Liigakarsintaottelut:

KPV - JJK	2-3
JJK - KPV	2-1

JJK säilyi Veikkausliigassa yhteismaalein 5-3

KuPS:n pelaajat, ottelut ja maalit Veikkausliigassa 2009:

Aliju Betim	9	-
Balogh Balazs	19	1
Berg Niki	-	-
Hartikainen Jani	10	-
Hoivala Atte	12	-
Iiskola Ville	21	-
Ilo Miikka	25	3
Ikudehinbu Segun	9	-
Juvonen Jyrki	1	-
Karppinen Juho	4	2
Kolari Jussi	-	-
Kolehmainen Tuomas	-	-
Koljonen Pele	21	5
Kuparinen Tuomas	20	1
Miettinen Jesse	-	-
Nissinen Joni	1	-
Nwakaeme Dickson	11	4
Ollo Patrice	19	2
Pennanen Petteri	-	-
Pöntinen Joonas	6	-
Rannankari Tuomas	12	-
Reinikainen Janne	20	-
Savolainen Jussi-Pekka	20	-
Strandman Ville	5	-
Taipale Tero	26	-
Turunen Miikka	24	3
Turunen Patrik	17	-
Udah Raphael	10	-
Venäläinen Ilja	24	7
Ylönen Harri	3	-

Valmennus- ja joukkueenjohto:

Kai Nyyssönen	päävalmentaja (14.6. saakka)
Esa Pekonen	päävalmentaja (14.6. alkaen)
Harri Ylönen	pelaajavalmentaja
Jarmo Vlasov	maalivahtivalmentaja
Sami Länsivuori	fyysinen valmentaja
Sami Miettinen	huoltopäällikkö
Jukka Röntynen	joukkueenjohtaja
Heikki Hämynen	lääkäri
Jukka Jääskeläinen	fysioterapeutti
Anu Ikäheimo	hieroja

Yleisökeskiarvo: 1837
Suurin yleisö: 3511 ottelussa KuPS - HJK (12.7.)

Suomen Cup:

03.6.	5.k.	FC Honka A - KuPS	2-3
08.7.	6.k.	MYPA - KuPS	1-3
30.8.	7.k.	KuPS - HJK	1-0
1.10.	8.k.	KuPS - FC Inter	0-2

Kansainvälinen ystävyysottelu, Leppävirta:

02.7.	KuPS - Pietarin Zenitin reservit	1-1
(maali: Pele Koljonen)